Druhou významnou skupinu parametrů tvoří tzv. konfigurace. Jak již vypovídá název, je pod touto nabídkou možné měnit hodnotu některých parametrů používaných při výpočtu mezd. U parametrů, které se vztahují k platné legislativě, je samozřejmě nutné respektovat hodnoty parametrů určené legislativou. U ostatních parametrů bývá většinou k dispozici výběr konkrétních hodnot. Konfigurace podsystému Mzdy je relativné rozsáhlá, a proto jsou konfigurační údaje rozděleny podle svého použití do několika logických skupin. Detailnější informace jsou k dispozici na následujícím odkazu: Konfigurace